Κατά τη Μεταβατική Περίοδο το έργο της Ακαδημίας συμπεριλαμβάνει:

– Την εκλογή νέων Τακτικών Μελών, καθώς και την εκλογή Εξωτερικών, Αντεπιστελλόντων και Επιτίμων Μελών.

– Τις διαδικασίες συμμετοχής της Ακαδημίας σε Διεθνείς Οργανισμούς Ακαδημιών Επιστημών, Γραμμάτων και Τεχνών και σε άλλους διεθνείς οργανισμούς ή ιδρύματα.

– Τη συστηματική και δυναμική αναζήτηση ιδίων πόρων για την εύρυθμη λειτουργία της Ακαδημίας και την υλοποίηση των σκοπών της μακροχρόνια.

– Τη διευθέτηση ζητημάτων που αφορούν στην προσωρινή στέγαση της Ακαδημίας και τη συνέχιση των προσπαθειών για ανεύρεση αρμόζουσας μόνιμης στέγασης της Ακαδημίας.

– Την οργάνωση και απονομή των Αριστείων των Επιστημών, των Γραμμάτων και των Τεχνών και άλλων βραβείων (προκηρυγμένα βραβεία, «οίκοθεν» βραβεία, βραβεία υπό την αιγίδα της Ακαδημίας).

– Την ανάπτυξη και εμπέδωση συνεργασιών και δραστηριοτήτων στην παιδεία, την έρευνα και την καινοτομία, την ενδυνάμωση της συνεργασίας των Πανεπιστημίων, των Κέντρων Ερευνών και της Βιομηχανίας της Κυπριακής Δημοκρατίας, τη διαδικασία παροχής έγκυρης και αντικειμενικής γνωμοδότησης στην Πολιτεία και πληροφόρηση των πολιτών της Κυπριακής Δημοκρατίας.

– Τη θεμελίωση τρόπων για την προβολή και ισχυροποίηση του έργου των επιστημόνων, των λογίων και των καλλιτεχνών της Κύπρου εντός της Κύπρου και διεθνώς.

– Τη δημιουργία διακλαδικών Επιτροπών και Ομάδων Εργασίας για θέματα όπως τα πιο κάτω:

– Την ίδρυση Επιστημονικών Συνεργασιών με Ακαδημίες και φορείς εντός και εκτός Κύπρου στην περιοχή της ενέργειας, του περιβάλλοντος, και της κλιματικής αλλαγής και των συνεπειών της εντός και εκτός της Κύπρου.

– Την οργάνωση εκδηλώσεων επιστημονικής, πολιτιστικής και καλλιτεχνικής κατάρτισης του πολίτη.

– Τη συνεργασία μεταξύ επιστημόνων και πολιτικών/θεσμικών ηγετών στην Κύπρο και την Ευρώπη για κατανόηση πολλαπλών επιστημονικών και τεχνολογικών θεμάτων.

– Τη θεμελίωση, οργάνωση και διεθνή προβολή «Των Τακτικών Διεθνών Διαλόγων της Ακαδημίας μεταξύ των Θετικών και των Ανθρωπιστικών Επιστημών» (“Academy of Cyprus’ dialogues between the sciences and the humanities”).

Βασικός σκοπός των διεθνών αυτών διαλόγων είναι η Ακαδημία να γίνει το μόνιμο κέντρο διεθνούς διεπιστημονικού διαλόγου μεταξύ των Θετικών και των Ανθρωπιστικών Επιστημών για την επίτευξη αμοιβαίας κατανόησης και εμπιστοσύνης και κοινής αντιμετώπισης των προκλήσεων που αντιμετωπίζει η ανθρωπότητα από τη ραγδαία εξέλιξη της επιστήμης κυρίως στις ιατροβιολογικές και φυσικές επιστήμες.