Κατά τη Μεταβατική Περίοδο το έργο της Ακαδημίας συμπεριλάμβανε:
- Την εκλογή νέων Τακτικών Μελών, καθώς και Εξωτερικών, Αντεπιστελλόντων και Επιτίμων Μελών
- Τη συμμετοχή σε διεθνείς οργανισμούς Ακαδημιών
- Τη συστηματική αναζήτηση πόρων για τη λειτουργία της Ακαδημίας
- Τη διευθέτηση ζητημάτων στέγασης
- Την οργάνωση και απονομή βραβείων και αριστείων
- Την ανάπτυξη συνεργασιών στην παιδεία, την έρευνα και την καινοτομία
- Την παροχή επιστημονικά τεκμηριωμένης γνωμοδότησης προς την Πολιτεία
- Την προβολή του έργου Κυπρίων επιστημόνων, λογίων και καλλιτεχνών
